长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析

• 作者: 于爱清 刘永士 张海明 徐嘉波 施永海 谢永德 陆根海
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 刀鲚 转录组 微卫星 分子标记
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 101-109
• 页数: 9页
• 分类号: S937.3
• 字数: 5842字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20180802001

摘要

本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记,为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础.结果 显示,从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1～6碱基的微卫星序列;刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征,其中,单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型,分别占总微卫星数目的34.94％、49.47％和13.34％;不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同,其中,A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25％,AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25％,AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57％;不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同,重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势;从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记,并以此为基础,对长江刀鲚选育群体(F3)的遗传学特征进行了初步评估,结果显示,长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度He)和Shannon多样性指数Ⅰ分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278.以上结果表明,基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的,所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	施永海		79	343	12.0	15.0
2	徐嘉波		43	175	8.0	11.0
3	谢永德		37	154	7.0	10.0
4	张海明		32	219	9.0	13.0
5	陆根海		20	116	7.0	10.0
6	于爱清		8	12	2.0	3.0