小鼠精子发生中环形RNA生成和功能分析

• 作者: 倪挺 宋逸钒 魏刚
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: 精子发生 circRNA 反向重复序列 RBP海绵
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 22-30
• 页数: 9页
• 分类号: R318.04
• 字数: 6532字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/201906005

摘要

小鼠精子发生过程中存在大量环状RNA(circRNA,circular RNA),其来源和功能尚不清楚.利用生物信息学手段分析小鼠精子发生过程中5个时期(精原干细胞,原始精原细胞、前细线期精母细胞,粗线期精母细胞及圆形精子细胞)的cir?cRNA,共发现3万余个circRNA.对circRNA两侧内含子中的重复序列分析发现:circRNA两侧内含子中显著富集反向互补重复序列.这些重复序列不仅包括已报道的SINE/Alu序列,还包括SINE/B2、SINE/B4、LINE/L1,LTR/ERVL?MaLR和LTR/ERVK,暗示多种类别的反向互补序列有可能参与了精子发生过程中的circRNA形成.采用sailfish?cir和maSigPro对获得的circRNA进一步定量和差异表达分析,发现5个不同时期的精子细胞中共存在409个差异表达circRNA,它们所在基因能够富集在与精子发生密切相关的功能类群上.对差异表达的circRNA进行miRNA结合预测,共发现有137个circRNA?miRNA结合位点.精子发生相关基因来源的circRNA序列中有93％含有与翻译有关的m6 A基序,暗示精子发生进程中的部分circRNA有形成多肽的潜力.研究发现小鼠精子发生过程中许多circRNA具有RNA结合蛋白(RBP)结合位点,提示circRNA可能具有"RBP海绵"的潜在功能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	魏刚	复旦大学生命科学学院	14	199	5.0	14.0
2	宋逸钒	复旦大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0
3	倪挺	复旦大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0