肺鳞状细胞癌发生的早期标志物及肿瘤预测模型

• 作者: 尚文慧 李晓琴 王晓曦 高斌
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 肺鳞状细胞癌 基因表达 肿瘤发生 早期标志物 诊断模型
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 223-235
• 页数: 13页
• 分类号: Q7|Q81
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/202002004

摘要

选取癌症基因组图谱数据库的肺鳞状细胞癌(Lung Squamous Cell Carcinoma,LUSC)样本作为数据集,在全基因组的水平上研究肺鳞状细胞癌病人从正常到发病I期基因表达的变化,寻找与LUSC发病密切相关的早期标志物,并建立一种基于早期标志基因的肿瘤预测模型.方法采用模式识别分类法和基因通路和功能分析相结合的筛选方法,对LUSC的早期标志物进行识别,并运用Fisher判别建立肿瘤预测模型.得到12个LUSC的早期标志物,分别是CLDN18,CD34,ESAM,JAM2,CDH5,F11,F8,CFD,MRC1,MARCO,SFTPA2和SFTPA1,机器学习建模后对LUSC早期癌症样本和正常肺组织样本的分类精度达到了98％以上.由基因SFTPA1和ESAM建立的LUSC早期肿瘤预测模型,对正常肺组织和LUSC肿瘤Ⅰ期样本的分类敏感性和特异性分别为99.18％和100％,并且独立验证集的分类准确率也在90％以上.结论筛选出的12个早期分子标志物有望成为LUSC诊断的标志分子,并且建立的肿瘤预测模型具有极高的准确性,可以为LUSC的发生机理研究以及早期肿瘤预测提供帮助.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高斌		17	61	5.0	7.0
2	李晓琴		28	71	5.0	6.0
3	尚文慧		2	0	0.0	0.0
4	王晓曦		1	0	0.0	0.0