基于生物信息学分析的食管癌miRNA-mRNA调控网络的初步构建

• 作者: 刘春霞 崔晓宾 庞丽娟 张安志 张海俊 李丽 李曼 李疆芬 李范平 李锋 杨兰 梁伟华 江辰昊 沈西华 胡建明 袁鑫 谢玉芳
• 来源期刊: 农垦医学
• 学科: 医学
• 关键词: 食管癌 GEO数据库 miRNA mRNA 调控网络
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 基础与临床研究
• 页码范围: 193-199
• 页数: 7页
• 分类号: R392.3
• 语种: 中文

摘要

目的:用生物信息学分析方法初步构建食管癌miRNA和mRNA的调控网络,探索其在食管癌中的分子调控机制.方法:从GEO下载数据集GSE114110(n10 T30),GSE59973(n3 T3)使用GEO2R进行差异表达基因分析,使用R语言软件probezsylnbol做热图分析;再通过GEOR2对食管癌差异mRNA进行分析及funrich对miRNA靶基因预测和mRNA预测取交集,使用DAVID和Cytoscape中的插件CluGO进行GO富集分析,最后通过下载预后数据绘制miRNAs的Kaplan-Meier生存曲线.结果:从GSE114110和GSE59973中取交集共获得7个差异表达miRNAs,miR-34c-5p、 miR-455-3p、 miR-455-5p、miR-944属于高频上调表达的miRNAs,miR-139-5p、miR-1、miR-133b属于高频下调表达的miRNAs;miRNAs主要富集于转录因子活性,转运蛋白活性等;并筛选出56个靶基因,构建了食管癌miRNA-mRNA分子调控网络,并筛选出结合和发挥作用的mRNAs,其功能主要富集为转录抑制子活性,RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合等.其中4个与mRNAs有靶向结合的miRNAs预后分析表明miR-455-5p、miR-34c-5p、miR-455-3p的高表达及miR-133b低表达患者的总体生存时间缩短.结论:通过数据库挖掘方法构建的miRNA-mRNA调控网络,发现miR-455-5p、miR-34c-5p、miR-455-3p及miR-133b参与食管癌的发生和发展,且与不良预后相关,为研究食管癌发病机制、探索联合miRNA及其靶基因mRNA作为临床诊断标志物及预后提供了可靠的研究方向.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李锋		89	255	8.0	11.0
2	刘春霞		20	17	3.0	3.0
3	梁伟华		25	17	2.0	3.0
4	李丽		49	81	5.0	7.0
5	庞丽娟		40	141	7.0	10.0
6	胡建明		13	48	4.0	6.0
7	崔晓宾		13	15	2.0	3.0
8	谢玉芳		1	0	0.0	0.0
9	李疆芬		1	0	0.0	0.0
10	江辰昊		1	0	0.0	0.0
11	张安志		1	0	0.0	0.0
12	袁鑫		1	0	0.0	0.0
13	李范平		1	0	0.0	0.0
14	李曼		11	52	3.0	7.0
15	沈西华		9	32	3.0	5.0
16	杨兰		10	4	1.0	1.0
17	张海俊		3	6	1.0	2.0