miR-486-5p的靶基因预测及其在胰腺腺癌中作用的生物信息学分析

• 作者: 任天宇 党胜春 周新童
• 来源期刊: 中国普通外科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 胰腺肿瘤 miR-486-5p 基因 预后 计算生物学
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 715-722
• 页数: 8页
• 分类号: R735.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.7659/j.issn.1005-6947.2020.06.012

摘要

背景与目的:胰腺癌是癌症相关性死亡的主要原因之一,是消化系统恶性程度最高的肿瘤,其主要的病理类型为胰腺腺癌(PAAD),预后较差.miR-486-5p在不同癌症中起重要的作用,但尚缺乏miR-486-5p在PAAD中的研究报告.本研究通过生物信息学方法探寻miR-486-5p的靶基因并分析靶基因在PAAD中的表达及意义.方法:使用PROGmiRV2数据库分析miR-486-5p与PAAD预后的相关性.综合运用多个数据平台来预测miR-486-5p的靶基因,并使用DAVID在线数据库对筛选出的靶基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科(KEGG)信号通路分析,再以STRING数据库构建靶基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytoscape软件进行可视化编辑,筛选PPI网络中的核心基因,最后验证筛选出的核心基因,找出与PAAD预后相关的核心基因.结果:miR-486-5p低表达PAAD患者的总生存时间较miR-486-5p高表达患者明显缩短(P＜0.05).得到至少被3个数据库预测到的靶基因数目共187个.GO分析显示,靶基因主要参与蛋白质稳定、蛋白质磷酸化、RNA聚合酶II启动子的转录正调节及凋亡过程的负调节等生物学过程;KEGG分析显示靶基因主要参与FOXO信号通路、p53信号通路、Ras信号通路及PI3K-Akt信号通路等.miR-486-5p潜在靶基因的蛋白网络分析发现,SIRT1、PTEN、SMAD2、CSNK2A1、SE RPINE1是PPI网络中关键靶基因;进一步通过GEPIA验证发现CSNK2A1、SERPINE1在PAAD组织中均明显上调(均P＜0.05),这些基因的高表达与PAAD患者的总体存活和无病生存相关(均P＜0.05),CSNK2A1和SERPINE1的高表达的PAAD患者有更差的预后.结论:miR-486-5p通过对靶向基因的调控,作用于PAAD患者体内多种信号通路的网络,参与PAAD的发生和发展,影响PAAD患者的预后.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	党胜春	江苏大学附属医院普通外科	89	322	9.0	14.0
2	任天宇	江苏大学附属医院普通外科	3	0	0.0	0.0
3	周新童	江苏大学附属医院普通外科	3	0	0.0	0.0