茄子EST-SSR分子标记的鉴定及多态性分析

• 作者: 刘建汀 卓玲玲 叶新如 曾美娟 朱海生 温庆放 王彬 陈敏氡
• 来源期刊: 中国细胞生物学学报
• 关键词: 茄子 转录组 EST-SSR 多态性
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1366-1373
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11844/cjcb.2020.08.0008

摘要

为了加快茄子(Solanumm elongena L.)分子遗传学研究和分子标记辅助育种,对其开展转录组测序,采用软件MISA(MicroSAtellite)对茄子转录组中的SSR位点进行搜索,共检测出5 562个SSR位点,分布于3 438条Unigenes中,出现频率为13.23％,平均分布距离为9.73 Kb.三核苷酸和二核苷酸重复出现频率占优势,分别有3 546个和1 270个,分别占总SSR的63.75％和22.83％.利用Primer 3.0设计引物,随机选择其中20 bp以上SSR序列的100对引物进行合成,92对引物实现有效扩增,占100对SSR引物的92％,从有效扩增引物随机选取30对引物对29份茄子材料进行扩增及多态性评价,30对均有多态性差异.通过UPGMA作图,供试的29份不同的茄子材料被划分为2类.基于茄子转录组测序开发的EST-SSR标记具有较高的可用性,为茄子种质鉴定、亲缘关系分析及遗传图谱构建等提供更丰富的标记来源.