贵紫麦1号转录组EST-SSR标记发掘与应用

• 作者: 任明见 何方 徐如宏 李振华 李鲁华 杨喜翠 杨帅
• 来源期刊: 河南农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 紫色小麦 EST-SSR 多态性筛选 标记开发 染色体定位 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 作物栽培·遗传育种
• 页码范围: 15-30
• 页数: 16页
• 分类号: S512
• 字数: 7182字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2020.05.002

摘要

为了开发新的小麦分子标记,利用前期小麦品种贵紫麦1号的转录组测序结果,对所得序列进行EST-SSR(Expressed sequence tags-simple sequence repeat)标记开发,并对开发的标记进行了染色体定位、多态性筛选.结果表明,在119572条总Unigenes序列中得到8749条含SSR位点的EST序列,占7.3％,平均每8.04 kb就会出现1个SSR;EST序列中SSR类型的分布特点为三核苷酸重复类型最多,而五、六核苷酸重复类型出现频次很少,单核苷酸重复以A/T出现频次最多,二核苷酸重复以AG/CT出现频次最多,三核苷酸重复以CCG/CGG出现频次最多;对含SSR位点的EST序列进行引物设计,成功设计出引物的序列有5503条,占总EST序列的62.9％,从中筛选到341对有效性EST-SSR引物;以中国春为对照,利用16份中国春缺体-四体系材料对341对EST-SSR引物进行染色体定位,共定位153对引物、201个位点,涉及除3A、5A、3B、4B及1D外的16条染色体,其中5B染色体定位引物对最多,达23对;筛选出53对多态性EST-SSR引物,对52份小麦材料进行遗传多样性分析发现,其中18对EST-SSR引物可将52份小麦材料一一区分.