杂交兰转录组SSR信息分析及EST-SSR标记开发应用

• 作者: 叶秀仙 吴建设 林兵 林榕燕 樊荣辉 钟淮钦
• 来源期刊: 中国细胞生物学学报
• 关键词: 杂交兰 转录组 EST-SSR 多态性
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 286-295
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11844/cjcb.2020.02.0014

摘要

该研究主要开发筛选适用于杂交兰的EST-SSR引物,为杂交兰种质资源评价和遗传变异研究等提供可靠的分子标记.该研究对杂交兰进行转录组高通量测序,挖掘SSR位点和开发EST-SSR标记,并对不同种质的遗传多样性进行分析.结果 表明,从31 724条杂交兰Unigene中检测出18 603个SSR位点,SSR出现频率为58.64％;SSR位点中的主导类型是单核苷酸重复,占总SSR的65.10％,其次是二核苷酸(23.56％)和三核苷酸(10.76％)重复;优势重复基元为A/T、AG/CT、AT/AT和AAG/CTT,分别占总位点的64.72％、13.74％、8.19％和2.51％.利用Primer Premier 5.0共设计了565对SSR引物,从筛选出的64对有效扩增引物中随机选择28对引物,对40份杂交兰种质进行多态性验证与遗传关系分析,其中16对(占57.14％)引物表现出可重复的高多态性,平均多态信息量(PIC)达0.789.基于扩增的多态性SSR信息,40份种质资源可聚为4类,聚类结果与其遗传背景基本一致.该研究印证了转录组测序获得的Unigene是SSR标记开发的有效来源,开发的EST-SSR引物可为杂交兰及近缘种的良种鉴别、遗传图谱构建、分子标记辅助育种及功能基因挖掘等提供有价值的候选标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴建设		25	118	7.0	10.0
2	林兵		26	139	7.0	11.0
3	林榕燕		9	5	1.0	2.0
4	樊荣辉		15	0	0.0	0.0
5	叶秀仙		14	45	5.0	6.0
6	钟淮钦		20	12	3.0	3.0