艾纳香MYB转录因子家族生物信息学分析

• 作者: 于福来 官玲亮 查英 王凯 白琳 谢小丽 陈振夏 陈晓鹭 黄梅
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 艾纳香 MYB转录因子 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 组学与生物技术
• 页码范围: 1305-1312
• 页数: 8页
• 分类号: S31
• 字数: 4271字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2020.07.004

摘要

MYB转录因子是植物中庞大的转录因子家族之一,在植物体内有着广泛的生物学功能.基于艾纳香全长转录组数据库,利用DNAMAN 6.0、MEGA 5.05软件以及ProtParam、WebLogo和SOPMA在线网站分析艾纳香MYB转录因子家族蛋白的分类、理化性质、氨基酸序列高级结构、保守结构域、系统进化等.结果表明,挖掘到127个BbMYB基因,预测47条具有MYB转录因子保守结构域的蛋白序列;根据结构域可分为1R-BbMYB和R2R3-MYB 2个亚类,其中R2-BbMYB与R3-BbMYB基序中都含有3个保守的色氨酸,而R1-BbMYB基序只有2个保守的色氨酸;艾纳香MYB家族蛋白均为亲水性蛋白,热稳定性较高且富含碱性氨基酸,大部分蛋白以无规则卷曲为主,其中R2R3-BbMYB3、R2R3-BbMYB4与1R-BbMYB15蛋白是以 α-螺旋为主;与拟南芥MYB转录因子家族共同构建的进化树发现,艾纳香MYB家族在进化上包括2个大类,6个亚类,通过艾纳香与拟南芥MYB蛋白序列相邻或是进化关系近可以预测艾纳香MYB基因功能,为进一步对艾纳香MYB家族基因研究及其功能鉴定提供科学依据.