grDNA-Prot:基于氨基酸物理化学特性和支持向量机的DNA结合蛋白预测

• 作者: 张艳萍 倪建威 高雅 陈鹏丞 李旭涛
• 来源期刊: 计算生物学
• 学科: 教育
• 关键词: DNA结合蛋白 物理化学性质 图形表示法 特征选择 支持向量机
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 页码范围: 1-11
• 页数: 11页
• 分类号: G63

摘要

DNA结合蛋白在细胞内外的各种活动中起着重要作用。本文提出一种新的DNA结合蛋白预测方法(grDNA-Prot),使用20个氨基酸组成频率和基于AAindex数据库531个氨基酸物理化学性质的图形表示法描述蛋白质序列信息。此外,还采用三种特征选择方法来选择最优特征,并通过5折交叉验证,建立了基于支持向量机的DNA结合蛋白识别预测模型。为验证该方法的有效性,本文在独立测试数据集上与其他方法进行了比较。这些结果表明,Hydrophobicity (H)、Physicochemical properties (P)和Alpha and turn properties (A)是有效区分DNA结合蛋白和非DNA结合蛋白的主要氨基酸物理化学性质。