基于压缩氨基酸和支持向量机进行膜蛋白类型识别

• 作者: 徐惠娟 石晶 管翠萍
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: 膜蛋白 压缩氨基酸 支持向量机
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 271-274
• 页数: 4页
• 分类号: R978.1+6
• 字数: 3932字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2013.04.05

摘要

膜蛋白是一类结构独特的蛋白质,是细胞执行各种功能的物质基础.根据其在细胞膜上的不同存在方式,主要分为六种类型.本文利用压缩的氨基酸对原始膜蛋白序列进行信息压缩,再对压缩序列进行氨基酸组成和顺序特征的提取,最后采用支持向量机构建分类模型.通过五叠交叉验证的结果表明,该方法对于六种膜蛋白的分类预测,准确度最高可达98％以上,平均预测准确度在85％以上,可有效实现膜蛋白六种类型的划分,为进一步分析膜蛋白的结构和功能奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐惠娟	宁夏大学生命科学学院	14	147	7.0	12.0
2	石晶	宁夏大学生命科学学院	26	33	4.0	5.0
3	管翠萍	宁夏大学生命科学学院	16	37	3.0	5.0