基于SLAF-seq技术的苗药八爪金龙遗传分析

• 作者: 刘畅 潘婕 刘雄伟 丁晶鑫 周英
• 来源期刊: 广西植物
• 关键词: 八爪金龙 SLAF-seq SNP 遗传进化 亲缘关系
• 年，卷（期）: 2021,（7）
• 所属期刊栏目: 植物功能物质研究与利用 专刊|Special Issue: Plant Functional Material Research and Utilization
• 页码范围: 1145-1154
• 页数: 10页
• 分类号: Q943
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw202006045

摘要

为探究苗药八爪金龙群体遗传进化和亲缘关系的远近,该研究利用简化基因组测序技术(SLAF-seq)对42份八爪金龙样品进行测序,获得多态性SLAF标签.同时采用GATK和SAMtools软件在多态性SLAF中检测单核苷酸多态性(SNP)分子标记,并利用SNP分子标记分析八爪金龙样品间的遗传分化关系.结果表明:(1)42份八爪金龙共获得246.35 Mb reads,测序质量值Q30的平均值为95.66％,GC含量的平均值为41.14％.(2)通过生物信息学的分析,获得1769265个SLAF标签,其中379829个多态性SLAF标签,共开发2299640个SNPs分子标记.(3)利用开发的SNPs数据构建八爪金龙的系统发育树,42份八爪金龙分成两个大的类群.第一类群为细柄百两和原变种百两金;第二类群由贵州朱砂根、红凉伞、湖北朱砂根和江西朱砂根组成.江西朱砂根与其余群体关系较远,有明显的分群现象.该研究从基因组水平揭示不同地区八爪金龙资源之间的遗传关系,为八爪金龙种质资源的鉴定和遗传多样性分析提供了理论基础,所开发的SNP位点可进一步用于挖掘与品质、抗逆性等相关的基因.