解淀粉芽孢杆菌生防菌BS-3全基因组测序及生物信息分析

• 作者: 戴利铭 李岚岚 刘一贤 施玉萍 蔡志英
• 来源期刊: 微生物学通报
• 关键词: 解淀粉芽孢杆菌 基因组 基因注释 次级代谢
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 微生物功能基因组研究|Microbial Functional Genomics
• 页码范围: 2073-2088
• 页数: 16页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13344/j.microbiol.china.200888

摘要

[背景]解淀粉芽孢杆菌BS-3是从健康橡胶树树根中分离获得的一株对真菌具有较强抗菌活性的内生细菌,有作为生物农药的潜力.[目的]解析菌株BS-3的基因组序列信息,以深入研究该菌株防病促生机制及挖掘次级代谢产物基因资源.[方法]采用第二代BGISEQ与第三代PacBio平台相结合的测序技术,对生防菌BS-3进行全基因组测序,并对测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释、共线性分析及次级代谢产物合成基因簇预测等.[结果]BS-3全基因组大小为3 870 130bp,平均GC含量为46.88％,共编码4 161个基因;含有92个tRNA基因、28个rRNA、10个sRNA;含有122个串联重复序列、98个小卫星DNA、2个微卫星.在COG、GO、KEGG、NR和Swiss-Prot数据库分别注释到基因2 875、2 620、1 885、4 040和3 328个.同时,预测到BS-3中有10个次级代谢产物合成基因簇,编码表面活性素、丰原素、多烯类、儿茶酚型嗜铁素等抑菌物质.基因组测序数据提交至NCBI获得GenBank登录号为CP060384.[结论]为基因组层面上解析菌株BS-3具有良好防病效果的内在原因提供基础数据,为深入了解解淀粉芽孢杆菌次级代谢合成途径提供参考信息,对菌株BS-3后续相关研究具有重要意义.