基于马尔可夫链的基因芯片特异性探针选择方法

• 作者: 倪青山 李冬冬 王正志
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 工学
• 关键词: 基因芯片 探针设计 马尔可夫链
• 年，卷（期）: 2005,（2）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 77-80
• 页数: 4页
• 分类号: TP392|Q332
• 字数: 3719字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2005.02.008

摘要

对于基因表达芯片,特异性探针的选择是探针设计的重要环节,由于基因组序列数据量极大,不可能对每个候选探针都在全序列中进行特异性评价并进行取舍.对此问题,提出了一种采用马尔可夫链概率准则的探针特异性选择方法,即把基因组序列看作马尔可夫链,任何探针序列的互补序列作为它的一个子序列,都具有一定的出现概率,概率越小,越可能具有特异性.据此,选择其中概率最小的N个候选探针,能够大大减少进行特异性评价的探针数量,缩短探针设计的计算时间.对实际数据的测试结果表明,该方法选择的探针具有很高的特异性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王正志	国防科技大学机电工程与自动化学院	85	629	13.0	20.0
2	倪青山	国防科技大学机电工程与自动化学院	22	72	5.0	7.0
3	李冬冬	国防科技大学机电工程与自动化学院	10	55	5.0	7.0