日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)基因组微卫星特征分析

• 作者: 孔杰 张庆文 栾生 王伟继 王清印 高焕
• 来源期刊: 自然科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 微卫星 日本囊对虾 重复单位 重复类型 拷贝数
• 年，卷（期）: 2007,（6）
• 所属期刊栏目: 学术论文
• 页码范围: 731-740
• 页数: 10页
• 分类号: S9
• 字数: 8939字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1002-008X.2007.06.005

摘要

通过建立随机基因组文库和序列测序,对日本囊对虾基因组进行了较大规模的微卫星分布特征分析.在1606711 bp的随机基因组序列中,共找到1206个微卫星序列,其序列总长度约占测序序列总长度的5.9%.微卫星序列中,以两核苷酸重复的序列数目最多,约占微卫星总数的69.82%,三核苷酸重复次之,约占12.35%.两核苷酸重复中以AT重复最为丰富,约占两核苷酸重复序列总数的29.44%.微卫星在低拷贝区间(≤42)数量相对较大,约占比例为72.31%.重复单位拷贝数的变异能力分析表明,变异系数最大的前3种重复类型,均为4-6核苷酸,较长重复单位类型有着较强的变异能力.微卫星重复单位长度与其拷贝数的相关分析表明,二者呈负相关(r=-0.428),即随着重复单位长度的增加,其拷贝数在减少.两核苷酸重复4种类型和三核苷酸重复10种类型基序AT含量与重复序列数目的相关分析表明,随着重复类型基序AT含量的增加,其相应的序列数目增多.同时,微卫星各重复类型基序GC含量在0-70 %间时,两端侧翼序列GC含量与之存在着正相关关系.这可能意味着微卫星两端的侧翼序列的碱基组成对微卫星的产生和进化有一定的影响.以上结果为物种间微卫星分布频率和丰度的比较、微卫星标记开发以及微卫星进化和功能的研究等工作提供基础.