玉米EST序列中微卫星的频率和分布

• 作者: 宋燕 朱有勇 李成云 纪韵祚 罗琼 范静华 赵美琼
• 来源期刊: 云南农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 玉米 EST 微卫星 分子标记
• 年，卷（期）: 2008,（5）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·生物技术
• 页码范围: 585-589
• 页数: 5页
• 分类号: S513.03
• 字数: 2507字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-390X.2008.05.002

摘要

利用Tandem Repeats Finder程序,以大于15 bp,匹配值为80%的标准,对已经公布的1 162 745条玉米EST序列中的SSR进行查找,共发现一至六核苷酸重复的SSR序列84 314个,占1 162 745个EST序列的7.25%.组成这些SSR的主要基序有A,C,AG,GGC,AGG,AAC,AAGT,AAAT,ACAT,AGAT,AGGT,AGAGG,AAAAG,AGGGG,AAAGC,GCCGAG,CGGCGT,CGCCGG,GCGGCA和CGCTGC,且以单核苷酸重复的SSR数量最多,为75 917个,其次是六核苷酸重复,为2 903个,这两类重复的SSR占总数的93.48%,四、五核苷酸重复的SSR数量较少,分别为772和779个.值得注意的是,所有这些在玉米EST中发现的SSR序列的碱基数都大于24 hp.这暗示利用这些SSR序列有可能开发出一批扩增效果好,多态性高的SSR分子标记,有助于玉米高密度遗传图谱的构建、重要功能基因克隆及基因功能等研究.