HIV-1蛋白酶与TMC114结合口袋内水分子作用的研究

• 作者: 张庆刚 时术华
• 来源期刊: 山东建筑大学学报
• 学科: 物理学
• 关键词: 物理化学 结合口袋 分子动力学 HIV-1蛋白酶 TMC114
• 年，卷（期）: 2010,（4）
• 页码范围: 359-363
• 分类号: O561.5
• 字数: 3386字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-7644.2010.04.002

摘要

水分子在生物分子的稳定、动力学和功能方面发挥着重要作用.采用3ns分子动力学模拟, 从不同侧面系统地研究了HIV-1蛋白酶与其抑制剂TMC114结合口袋内的五个水分子的功能作用.结果表明:水分子可以保持PR-TMC114的动力学和结构以及绑定特性的稳定;复合体的晶体结构和平均结构的比较表明Wat301、Wat2和Wat5在分子动力学模拟过程中是守恒的;对氢键的分析证实Wat301可以稳定PR与TMC114抑制剂柔性区域的结构,并且Wat2和Wat5能增强活动位点的稳定性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	时术华	山东建筑大学理学院	15	22	2.0	3.0
2	张庆刚	山东师范大学物理与电子科学学院	71	240	8.0	11.0