草莓EST中SSR位点分析

• 作者: 张俊娥 邓华锋
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: EST 微卫星 SSR 草莓
• 年，卷（期）: 2010,（23）
• 页码范围: 12328-12329,12336
• 分类号: S668.4
• 字数: 1762字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0517-6611.2010.23.010

摘要

[目的]从现有的草莓EST数据中获取有效的微卫星标记.[方法]利用MISA(Microsatellite)软件分析简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)在草莓EST中的分布频率与密度,用CAP3软件进行冗余分析.[结果]在17 565条EST序列中,共获得10 129条SSR序列,SSR之间的距离约为0.90 kb.其中,六碱基重复丰度最大,占61.0%,而三碱基、单碱基、二碱基、四碱基和五碱基重复丰度分别为14.3%、13.1%、6.2%、4.3%和1.1%.在单碱基、二碱基、三碱基和四碱基重复模体中,丰度最大的分别是A/T、AG、AAG和AAAG,而CG在编码区内没有.在这6种类型的重复模体中,冗余与非冗余的草莓EST之间没有显著差异.[结论]从现有的草莓EST数据中可以方便地获取有效的微卫星标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邓华锋	江西师范大学计算机信息工程学院	6	16	3.0	3.0
2	张俊娥	江西师范大学生命科学学院	16	53	5.0	6.0