Codon Usage Database自动寻错平台CUDer的组建与应用

• 作者: 余劲聪 方柏山
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 工学
• 关键词: 密码子用法 密码子用法表 密码子用法数据库 CUDer平台 生物信息学
• 年，卷（期）: 2011,（3）
• 页码范围: 242-246,249
• 分类号: TP31|Q81
• 字数: 3062字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2011.03.016

摘要

密码子用法数据库(CUD)是密码子用法与密码子优化研究领域的一个重要的在线服务,为了找出该数据库中潜在的两种不再适用的记录,即已过期的陈旧记录和在遗传密码类型上实际无法有效支持的记录(简称不支持记录),本文通过结合前期自主研发的两个软件BestCodon与CUDassist,组建了CUD自动寻错平台CUDer,并应用于上述问题的研究.结果发现,CUD中存在317条陈旧记录与4条不支持记录.对于陈旧记录,这些记录的物种分类号在NCBI中已发生变更,研究者应该避免使用这些记录的相关数据;对于不支持记录,本文借助CUDer计算得到这些记录正确的密码子用法表(CUT),弥补了当前CUD的不足.此外,该平台也为面向CUD的自动化数据处理,提供了一个新的软件框架,具有一定的借鉴意义.