葡萄EST-SNP位点的信息与特征

• 作者: 侯小改 刘崇怀 张国海 李猛 郭大龙
• 来源期刊: 浙江大学学报（农业与生命科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 葡萄 表达序列标签 单核苷酸多态性 筛选原则
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 所属期刊栏目: 生物科学与技术
• 页码范围: 263-270
• 分类号: Q344|S663.1
• 字数: 5383字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3785/j.issn.1008-9209.2012.03.005

摘要

为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42493条,利用CAP3软件拼接得到6126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选；同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30％,SNP侧翼序列保守度至少为5 bp.结果表明:仅在1195个contig中存在候选SNP位点,共5032个,其中包括1800个颠换类型,2896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4.2 SNP·contig-1.利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	侯小改	河南科技大学农学院	99	893	17.0	26.0
2	刘崇怀	中国农业科学院郑州果树研究所	177	1714	22.0	35.0
3	郭大龙	河南科技大学林学院	50	461	12.0	19.0
4	张国海	河南科技大学林学院	55	456	12.0	19.0
5	李猛	河南科技大学林学院	8	80	5.0	8.0