梅、杏、桃EST同源序列特征分析及EST-SNP发掘

• 作者: 上官凌飞 宁宁 房经贵 李晓颖 王玉柱
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 梅 杏 桃 表达序列标签 单核苷酸多态性 发生频率
• 年，卷（期）: 2012,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 47-53
• 分类号: S662
• 字数: 5414字
• 语种: 中文

摘要

通过生物信息学手段,下载GenBank数据库中已公布的梅、杏、桃3个物种EST序列各4 660、15388、82583条,利用CAP3软件拼接后序列分别为4456、5595和24243条.经比对发现,同源序列592条,同源序列的总长度为235576bp,平均长度和同源性分别为437.67bp和97.50％；进行Blast比对后发现,所有同源序列中有340个具有相应的功能注释,183个为未知功能蛋白,其余69个为没有相应序列信息的新基因；在所有同源序列中共发现8818个SNP,总频率为每SNP26.71bp,并以转换和颠换为主.同时,对3个物种的同源序列进行两两比较发现,SNP数量明显少于这三者比较的结果.利用所有SNP对梅、杏、桃3个特种进行聚类分析,结果表明,梅、杏的亲缘关系较近,而两者与桃亲缘关系较远.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王玉柱	北京市农林科学院林业果树所	65	700	13.0	23.0
2	上官凌飞	南京农业大学园艺学院	37	426	13.0	20.0
3	房经贵	南京农业大学园艺学院	194	3087	29.0	47.0
4	李晓颖	南京农业大学园艺学院	15	192	7.0	13.0
5	宁宁	南京农业大学园艺学院	3	62	3.0	3.0