油棕EST序列中SSR的分布特征分析

• 作者: 刘锐 吴春太 李维国 陈青
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 油棕 EST SSR
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 101-105
• 分类号: S565.903
• 字数: 4538字
• 语种: 中文

摘要

为充分利用现有公共数据库中的EST资源开发EST - SSR引物,本研究从GenBank数据库获取39 227条油棕EST,通过聚类拼接和处理,得到全长为7 977.734 kb的无冗余序列15 716条.在这些序列中共检索出699个SSRs,检出率为4.45％,平均11.41 kb出现1个SSR,包括99种重复基元.其中,二核苷酸和三核苷酸重复是主要的类型,分别占总SSRs的38.48％和25.32％.在所有的核苷酸重复基序中,二核苷酸重复序列AG/CT所占比例最高,约占27.47％.Blastx分析发现44.95％的SSR - ESTs与非冗余蛋白质序列数据库(nr)中功能基因同源,功能已知的蛋白质中葡萄来源的SSR - ESTs所占比例最大,为4.42％.同时对54条SSR - ESTs通过GO体系进行功能分类,其中46条能找到同源物,其余8条无同源物,这些序列可划分为18个亚类,在所有功能亚类中,结合活性的功能项和SSR - ESTs数量最多,另外580条未被注释功能信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李维国	中国热带农业科学院橡胶研究所	53	420	9.0	17.0
3	刘锐	海南大学农学院	2	6	1.0	2.0
4	吴春太	中国热带农业科学院橡胶研究所	19	118	8.0	10.0
10	陈青	海南大学农学院	9	16	3.0	3.0