刺叶苏铁EST序列中SSR信息分析

• 作者: 李加敏 李青青 肖龙骞
• 来源期刊: 现代农业科技
• 学科: 农学
• 关键词: 刺叶苏铁 EST SSR
• 年，卷（期）: 2012,（8）
• 所属期刊栏目: 农业基础科学
• 页码范围: 44-45,48
• 页数: 3页
• 分类号: S791.11|Q524
• 字数: 2396字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-5739.2012.08.020

摘要

基于NCBI数据库中刺叶苏铁的21 997条EST序列,统计分析了其EST-SSR的组成与分布特点。经过剔除冗余和低质量序列后,得到长度为7 926 783 bp的无冗余EST序列13 640条。在这些序列中共搜索出了875条EST序列含有1 176个SSR,出现频率为8.6%。这些SSR的主要重复基序有A/T,C/G,AC/GT,AG/CT,AT/AT,CG/CG,AAC/GTT,AAG/CTT,AAT/ATT,ACC/GGT,ACG/CGT,AGC/CTG,AGG/CCT,ATC/ATG,AAAT/ATTT,AAGG/CCTT,AATT/AATT,ACAT/ATGT和AAACCC/GGGTTT。一、二、三核苷酸重复类型是主体,三者共占总数的99.1%。A/T、AT/AT、AG/CT、AAG/CTT和AAT/ATT分别是其优势重复基元,分别占总数的41.7%、11.5%、11.9%、2.6%和2.5%。该研究为刺叶苏铁EST-SSR标记的开发与应用奠定了基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	肖龙骞	中国科学院西双版纳热带植物园热带森林生态重点实验室	2	26	2.0	2.0
2	李青青	云南师范大学生命科学学院	19	315	10.0	17.0