GenBank数据库中微生物rDNA序列准确性研究

• 作者: 樊游 沈微 王正祥 石贵阳 陈源源
• 来源期刊: 食品与发酵工业
• 学科: 生物学
• 关键词: 微生物鉴定 GenBank数据库 rDNA序列 准确性
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 28-31
• 页数: 4页
• 分类号: Q936
• 语种: 中文

摘要

rDNA序列同源性分析是目前常用的一种微生物分子鉴定方法。在该方法中,待鉴定微生物的rDNA序列需要与GenBank数据库中的相关序列进行同源性比对,从而得出该菌株的具体种属。从GenBank数据库中收集了细菌16S rDNA序列、丝状真菌ITS序列以及酵母26S rDNA D1/D2区域序列共88条,通过BLAST比对和构建系统发育树的方法对所收集rDNA序列的准确性进行了验证。结果发现有17条序列（19.3%）的长度过短,无法提供足够的系统发育信息;5条序列（5.6%）存在错误命名或测序不准确问题;58条序列（65.9%）没有相关文章发表;62条序列（70.4%）无法获取对应的微生物保藏物。从而提示了GenBank数据库的有限参考价值,在微生物分子鉴定过程中需要对相关rDNA序列的准确性进行验证。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	沈微		98	817	14.0	24.0
2	王正祥		120	1443	20.0	31.0
3	石贵阳		128	1034	17.0	24.0
4	陈源源		7	13	3.0	3.0
5	樊游		18	69	4.0	7.0