沟眶象转录组微卫星特征分析

• 作者: 武政梅 温俊宝 高朋
• 来源期刊: 环境昆虫学报
• 学科: 农学
• 关键词: 沟眶象 微卫星 转录组 重复类型 重复基元
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 生理与生化
• 页码范围: 979-983
• 页数: 5页
• 分类号: Q965|S433.5
• 字数: 3855字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-0858.2016.05.15

摘要

本研究基于高通量测序获得的沟眶象Eucryptorrhynchus chinensis (Olivier)转录组数据,采用MISA(MicroSatellite)软件对其简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘.对筛选得到的1 kb以上的Unigene(17590条,占Unigene总数的26.98％)进行了SSR分析,结果发现含SSR的序列有1665条,共发现1823个SSR,平均32.52 kb出现一个SSR.沟眶象微卫星主要以三碱基重复类型为主(637,34.94％),其次为单碱基重复(576,31.60％).共发现104种碱基重复基元,所占比例最高的为(A/T)n(30.39％),其次为(AT/AT)n(6.91％).沟眶象SSR的平均长度为15.74 bp,长度大于20 bp的SSR仅占总数的12.70％.研究还发现沟眶象微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P＜0.01),相关系数为-0.572.研究结果为开发高多态性微卫星引物来进行沟眶象功能基因组学、种群遗传结构、种群遗传多样性等研究奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	温俊宝	北京林业大学林木有害生物防治北京市重点实验室	99	1134	18.0	28.0
2	武政梅	北京林业大学林木有害生物防治北京市重点实验室	1	16	1.0	1.0
3	高朋	北京林业大学林木有害生物防治北京市重点实验室	3	21	2.0	3.0