基于烟草基因组重测序数据的SNP提取软件组合比较

• 作者: 任学良 余世洲 余婧 张洁 曹培健 李泽锋 林世锋 郭玉双
• 来源期刊: 烟草科技
• 学科: 生物学
• 关键词: 普通烟草 SNP提取软件 基因组 重测序
• 年，卷（期）: 2017,（10）
• 所属期刊栏目: 烟草农学
• 页码范围: 1-7
• 页数: 7页
• 分类号: Q-31
• 字数: 5791字
• 语种: 中文

摘要

为选择一个适合大规模烟草基因组重测序数据分析的软件组合,对常用的基因组重测序软件之间的差异进行了比较.分别采用3种过滤测序原始数据的软件(NGS QC Toolkit、Trimmomatic和ngsShoRT)对烟草品种K326的全基因组测序数据进行过滤,然后用两种比对软件(BWA和Bowtie2)将过滤后的数据比对到红花大金元的参考基因组上,随后将比对结果用SAMtools软件进行变异提取,同时把BWA软件的比对结果用GATK软件进行变异提取,共有9个软件组合.比较9个软件组合的分析结果发现:不同软件组合的分析结果具有明显差异,各个组合结果的可信概率范围为55%~71%,其中Trimmomatic_BWA_SAMtools软件组合与其他组合相比,分析耗时较短、操作简便、准确度较高,适合测序深度较高的大规模全基因组重测序数据的前期处理.