胡枝子叶片转录组特征分析及其EST-SSR标记开发

• 作者: 何海 徐波 李林霖 李诗琦 郭丽娜 陈金元 高信芬
• 来源期刊: 应用与环境生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 胡枝子 转录组 功能注释 EST-SSR标记
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1338-1349
• 页数: 12页
• 分类号: Q949.751.903
• 语种: 中文
• DOI: 10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.01034

摘要

胡枝子(Lespedeza bicolor)系豆科胡枝子属植物,性耐旱,是防风固沙及水土保持的优良植物.报道胡枝子的转录组序列,对其进行注释,并开发一系列EST-SSR标记用于进化研究.主要研究结果如下:(1)采用二代测序技术对胡枝子叶片进行转录组测序,得到120 913 unigenes,其平均长度为608 bp,N50的长度是978 bp.(2)分别在KEGG和KOG等数据库中对unigenes进行注释,总共注释72 613 (60.05％) unigenes的功能.(3)筛选识别13 551个潜在的EST-SSR标记;根据重复单位的核苷酸数目以及重复次数的多少,从中选择173个EST-SSR标记进行引物设计.(4)对胡枝子和其他9种近缘种植物进行PCR扩增实验,最后得到56对引物可全部成功扩增出条带并表现出一定的多态性.本研究获得了较高质量的胡枝子转录组数据库,可进一步用于比较和功能基因组研究以及胡枝子及其近缘类群的基因表达研究;开发的EST-SSR标记将提供一个强大的工具,可用于研究遗传多样性和种群结构、构建DNA指纹图谱数据库、生成遗传图谱、预测分子标记辅助育种和保存遗传信息.