芳香硫酸酯酶定点饱和突变方案的比较

• 作者: 卢进鹏 周伟 廖飞 李亚平 杨晓兰 种慧敏 胡小蕾 袁梅
• 来源期刊: 西安交通大学学报（医学版）
• 关键词: 芳香硫酸酯酶 定点饱和突变 随机引物 精确引物等量混合物 单个精确引物
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 技术方法研究
• 页码范围: 459-464
• 页数: 6页
• 分类号: Q754
• 语种: 中文
• DOI: 10.7652/jdyxb201903023

摘要

目的 比较随机引物与精确引物PCR扩增实施绿脓杆菌芳香硫酸酯酶(Pseudomonas aeruginosa arylsulfatase,PAAS)定点饱和突变的整体效率及成本,以建立高效实用的定点饱和突变方案.方法 以大肠杆菌碱性磷酸酶(Escherichia coli alkaline phosphatase,ECAP)与PAAS融合表达质粒为模板,分别用针对PAAS目的位点的随机引物、精确引物等量混合物及单个精确引物,进行全质粒PCR扩增构建定点饱和突变体库;碱裂解细胞后高通量测定PAAS突变体与ECAP活性比值进行筛选,比较3种定点饱和突变建库方案需筛选的单克隆数量、所获突变体种类、整体耗时、整体成本及影响因素.结果 用随机引物PCR对M72位定点饱和突变有明显密码子偏好性,筛选超600个单克隆仅获得10种预期突变体,但对G138位定点饱和突变未见明显的密码子偏好性且筛选不到150个单克隆获得18种预期突变体;精确引物等量混合物对M72位实施定点饱和突变,筛选不超过190个克隆成功获得19种预期突变体;单个精确引物对M72位逐个PCR实施定点饱和突变,仅各筛选2个单克隆就获得19种预期突变体.单个精确引物逐个PCR实施定点突变所获饱和突变体库完整,需筛选的单克隆数最少,总耗时和总成本最低;相比之下,用随机引物和精确引物等量混合物实施定点饱和突变时,所需筛选的单克隆数、整体耗时及成本均显著增加.结论 解析序列-活性关系时,用单个精确引物逐个PCR实施定点饱和突变有显著整体成本和效率优势;仅筛选阳性突变体时,用精确引物等量混合物进行PCR建库在成本和效率上更有优势.