重要食药同源植物余甘子转录组微卫星特征分析

• 作者: 万友名 刘秀贤 刘雄芳 安静 张序 李太强 李正红 马宏
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 农学
• 关键词: 余甘子 食药同源植物 转录组测序 微卫星
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 294-302
• 页数: 9页
• 分类号: S722
• 字数: 6298字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2019.02.016

摘要

为全面了解余甘子转录组SSR位点的分布特征和变异规律,本研究利用Illumina Hiseq 4000平台对余甘子叶片转录组进行测序,通过MISA软件对获得的Unigenes进行SSR位点搜索和统计分析.结果 发现9 538条包含SSR位点的Unigenes,共检测到9991个SSR位点,平均每5.49 kB出现1个SSR.单碱基和二碱基为余甘子转录组SSR主要重复类型,分别占SSR总数的42.3％和30.79％.位于基因编码区的SSR位点共有1 731个,出现频率为0.039 SSRs/kB,优势重复类型为三碱基重复.余甘子转录组SSR中共有169种重复基元,其中所占比例最高的是A/T(42.10％),其次是AG/CT(22.91％)和AAG/CTr(5.02％).SSR各基元的重复次数波动于4～75次,且多数集中于4～20次.重复片段长度≥20bp的SSR占21.20％,且SSR发生频率与片段长度呈显著负相关(P＜0.01),相关系数为-0.561.本研究获得的余甘子转录组SSR位点出现频率较高、分布密度较大、低级重复基元较多,重复次数较高、长片段较多,大多数SSR位点的多态性潜能较高,用于余甘子遗传多样性分析的潜力较大,为下一步余甘子转录组SSR标记的大规模开发和群体遗传学研究提供了重要的数据信息,进而为余甘子野生资源的保护和合理开发利用提供了参考依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘秀贤	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	59	409	12.0	16.0
2	李正红	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	70	547	13.0	19.0
3	万友名	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	37	177	7.0	11.0
4	安静	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	5	3	1.0	1.0
5	刘雄芳	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	8	22	3.0	4.0
6	张序	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	4	3	1.0	1.0
7	李太强	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	5	22	3.0	4.0