泥东风螺EST-SSR开发及其群体遗传多样性分析

• 作者: 周先文 康骊 曾志南 熊钢 王佩 王晓清 陈贞年
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 泥东风螺 转录组 EST-SSR 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 117-124
• 页数: 8页
• 分类号: S917.4
• 字数: 3814字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20190417002

摘要

本研究采用MISA软件分析泥东风螺(Babylonia lutosa)转录组中微卫星信息.结果 显示,从转录组中共获得16324个SSR,共有181种重复基元;泥东风螺转录组中不同类型微卫星的重复基元具有不同的分布特征,其中,二核苷酸重复基元中AC/GT(70.58％)重复基元以重复6次出现频率占优;长度为12～20 bp的SSR占63.95％,长度为21～25 bp的SSR占9.14％,总体的平均长度为18.4 bp.随机选取其中50条序列设计引物,通过对福建野生泥东风螺群体(WP)DNA样本进行PCR扩增和分型,结果获得23个多态性位点,等位基因数目为2～7个不等,期望杂合度(Ne)为0.190～0.937,观察杂合度(N0)为0.065～0.936,多态性信息含量(PIC)为0.061～0.777,有4个位点显著偏离哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE) (P＜0.05).对野生群体和养殖群体(BP)遗传多样性分析显示,野生群体和养殖群体的平均Ne分别为0.491和0.544,平均No分别为0.477和0.564,平均PIC分别为0.541和0.407.Fis结果显示,野生群体和养殖群体分别有13个和9个位点杂合子过剩.群体间遗传分化指数(Fst)为0.001～0.655,平均值为0.053 (0.05＜Fst＜0.15),属于中等程度分化.群体间的基因流值(Mm)为0.132～543.787,平均为4.450.两群体间的遗传距离为0.892,表明群体间的遗传分化小.本研究结果表明,泥东风螺野生群体和养殖群体均具有较高的遗传多样性,具有很大的选育潜力,开发的泥东风螺SSR标记对泥东风螺的群体遗传结构、图谱构建、增殖放流效果评估和分子辅助育种等研究方面具有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	曾志南		57	610	11.0	23.0
2	王晓清	湖南农业大学动物科技学院	93	807	16.0	25.0
3	王佩	湖南农业大学动物科技学院	12	10	2.0	2.0
4	熊钢	湖南生物机电职业技术学院动物科技系	9	8	2.0	2.0
8	康骊	湖南生物机电职业技术学院动物科技系	4	1	1.0	1.0
9	陈贞年	湖南农业大学动物科技学院	3	0	0.0	0.0