棉花苯丙氨酸解氨酶基因家族的生物信息学分析

• 作者: 李雨哲 邢淋雪 刘梦洁 刘苏瑶 鲍梦楠 刘震
• 来源期刊: 棉花学报
• 关键词: 苯丙氨酸解氨酶 棉花 基因家族 表达 生物信息学
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 66-74
• 页数: 9页
• 语种: 中文

摘要

[目的]苯丙氨酸解氨酶是苯丙烷类代谢的关键酶,对调节植物生长和抗逆有重要作用.从全基因组层次了解棉花苯丙氨酸解氨酶基因家族的进化和功能,可为相关研究提供数据支撑.[方法]利用HMMER和BLASTP从棉花基因组筛选苯丙氨酸解氨酶基因家族,利用MEGA-X进行进化分析,利用MCScanX进行共线性分析,并利用NCBI SRA的数据进行表达分析.[结果]本研究分别从陆地棉、海岛棉、亚洲棉和雷蒙德氏棉基因组中筛选到12、13、7、8个苯丙氨酸解氨酶基因,依据进化分析和共线性关系数据,我们推测四种棉花的二倍体祖先起初应有6个苯丙氨酸解氨酶基因.顺式作用元件分析结果表明,苯丙氨酸解氨酶基因家族含有较多的光响应、激素响应、胁迫响应和生长发育相关的元件.苯丙氨酸解氨酶的蛋白序列具有保守的基序.陆地棉的12个苯丙氨酸解氨酶在低温、高温、盐和PEG胁迫下有不同的表达方式.[结论]本研究明确了苯丙氨酸解氨酶在棉花基因组中的数量、理化性质、进化和表达特征,为苯丙氨酸解氨酶的深入研究提供了参考.