NCBI和cDNA文库中栽培花生EST-SSR分子标记的开发及其特点

• 作者: 杨庆利 潘丽娟 王金彦 禹山林
• 来源期刊: 分子植物育种
• 学科: 农学
• 关键词: 花生 EST-SSR 开发 特点 NCBI和cDNA文库
• 年，卷（期）: 2009,（4）
• 所属期刊栏目: 新思路、新技术、新方法
• 页码范围: 806-810
• 页数: 5页
• 分类号: S6
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/mpb.007.000806

摘要

本研究利用NCBI的GenBank数据库中公布的花生86 132条EST序列以及利用高油酸品种E12所创建的cDNA文库中的12 501条EST序列,对这些序列进行前期处理,总共获得非冗余且拼接较长的singleton 11 260条,contig 9 972条.通过MISA软件分析发现两个EST库中共包含有3 104个SSR位点,占到总共非冗余序列的11.08%.这些SSR位点被分成二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复、六核苷酸重复以及混合核苷酸重复等,其中三核苷酸重复占的比例最多,分别占到NCBI和cDNA文库的43.0%和56.8%,二核苷酸和五核苷酸重复占到所有重复位点的第二位和第三位,六核苷酸重复的比例最少.在所有重复基序中,AG/TC重复的数量最多,分别占到NCBI和cDNA文库的8.65%和13.42%.在三核苷酸重复中,CTT/GAA出现的频率最大,分别占到6.7%和13.42%.所有这些SSR基序的长度在4～51个之间.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨庆利		47	525	14.0	19.0
2	禹山林		82	1174	20.0	30.0
3	王金彦		3	22	2.0	3.0
4	潘丽娟		23	208	9.0	13.0