葡萄EST-SSR标记的开发及其应用

• 作者: 上官凌飞 于华平 刘崇怀 房经贵 郭磊
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 葡萄 EST SSR 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 页码范围: 23-30
• 分类号: S663.1
• 字数: 5142字
• 语种: 中文

摘要

从NCBI公共数据库中随机下载葡萄表达序列标签(expressed sequence tag,EST)8 925条,利用Phrap软件对这些序列进行拼接后形成5 42条序列,利用MISA软件共发掘出含有SSR位点的序列336条,共含有367个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为6.50%.二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为79 (21.53%)、83(22.62%)、29(7.9%)、60( 16.35%)和116(31.61%).利用Primer 3.0 Plus软件随机设计50对引物进行PCR扩增,用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析这些SSR引物的PCR扩增产物多态性.50对引物中有36对引物能在20个葡萄品种中扩增出理想的PCR产物,占总引物的72%.其中,26对引物扩增条带具有多态性.利用16对经过验证的EST-SSR引物对20个葡萄品种亲缘关系的分析获得了理想的研究结果.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘崇怀	中国农业科学院郑州果树研究所	177	1714	22.0	35.0