水稻胚乳特异表达基因的挖掘及顺式元件分析

• 作者: 宋伟 尹京苑 张利达
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 组织特异基因 胚乳 顺式作用元件 向量夹角余弦
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 页码范围: 183-189
• 分类号: Q343.1+5
• 字数: 6185字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2012.03.09

摘要

本研究旨在利用计算机方法对水稻胚乳特异性表达基因进行挖掘和功能分析,及特异性顺式调控元件的预测.我们将基因在不同组织中的表达信号谱看作多维空间内的向量,利用向量夹角余弦法计算其与理想状态下该基因在某一组织特异表达向量的相似度,以此来判断组织特异性表达基因.本文通过对水稻芯片数据的大规模分析,共挖掘出了127个在永稻胚乳中特异表达基因.并对其启动子进行顺式元件预测,发现两个与胚乳特异表达相关的顺式调控元件,其保守序列分别为CATGCATSCM和GATCGATCGR.与已知功能的顺式元件比较显示,前者为种子特异基因表达相关的RY repeat元件,而后者则与元件RNFG1相似,但其具体功能尚不明确.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	尹京苑	上海大学计算机工程与科学学院	75	760	17.0	24.0
2	宋伟	上海大学生命科学学院	4	17	3.0	4.0
3	张利达	上海交通大学农业与生物学院	6	69	3.0	6.0