稻瘟菌Magnaporthe oryzae P-ATPases基因家族分析

• 作者: 张云华 彭陈 方先文 李万昌 袁玖辰 郭士伟
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 稻瘟菌 P-ATPases基因 EST GC含量
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 页码范围: 15-19
• 分类号: Q51
• 字数: 2929字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2012.01.05

摘要

利用TCDB (Transporter Classification Database)网站数据库中的P- ATPases氨基酸序列对稻瘟菌全基因组表达序列( Coding Sequence,CDS)数据库进行搜索和分析,共发现23个P- ATPases基因,进化树分析表明这23个基因分属于4个家族和7个亚家族.构建了本地ESTs数据库,通过P-ATPases基因CDS序列与EST序列比对分析发现,在这些基因中有20个存在EST同源体,另外3个基因没有发现EST同源体,因此这20个基因是真实P-ATPases基因的可能性更高.运用MEME程序分析了这些P - ATPases蛋白结构域的基序,有6种基序在90％以上的基因氨基酸序列中出现,属保守基序.对这23个P - ATPases基因GC含量的分析表明,它们的平均GC含量在0.519 -0.628之间,稍高于稻瘟菌整个基因组GC平均含量(0.516),同时这些基因内各区段GC含量变化不大,没有明显的梯度变化.本文结果为下一步深入研究稻瘟菌中P- ATPases基因家族的功能奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张云华	安徽农业大学生命科学学院	52	534	11.0	21.0
2	方先文	江苏省农业科学院粮食作物研究所江苏省优质水稻工程技术研究中心	33	379	10.0	18.0
3	李万昌	河南师范大学生命科学学院	41	210	9.0	12.0
4	郭士伟	江苏省农业科学院粮食作物研究所江苏省优质水稻工程技术研究中心	20	374	11.0	19.0
5	彭陈	江苏省农业科学院粮食作物研究所江苏省优质水稻工程技术研究中心	3	17	2.0	3.0
6	袁玖辰	江苏省农业科学院粮食作物研究所江苏省优质水稻工程技术研究中心	1	4	1.0	1.0