Profile-profile比对方法用于发现远距离同源模板

• 作者: 方慧生 李娟 邢龙生 陈凯先
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: profile-profile比对 结构预测 远距离同源模板 PSI-BLAST
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 16-21
• 页数: 6页
• 分类号: Q343.1+5
• 字数: 4565字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2013.01.03

摘要

基于模板的模建方法是蛋白质结构预测领域中最为准确有效的方法,该类方法的成功与否对模板质量的要求较高.为待预测序列找寻合适的模板,本文提出了一种profile-profile比对的方法将查询序列同模板库中的已知结构蛋白进行比对,然后根据比对结果的Z-score得分高低顺序挑选出合适的模板.结果表明:本文的profile-profile比对方法在测试集上的性能明显优于PSI-BLAST,相比PSI-BLAST在测试集上的准确度提高了约14.3％,配对t检验的结果表明准确度的提高具有统计显著性.从而得出如下结论:本文的profile-profile比对方法可以用于为序列相似性较低的待预测序列搜索远距离同源模板,并用于指导后续的三级结构预测.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈凯先	中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心	45	684	13.0	25.0
3	方慧生	中国药科大学生命科学与技术学院	28	84	6.0	8.0
6	李娟	南京市鼓楼医院血液科	5	6	2.0	2.0
7	邢龙生	中国药科大学生命科学与技术学院	1	1	1.0	1.0