基于约束建模法的结核菌H37Rv代谢网络分析

• 作者: 关鹏 杜志成 黄德生
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: 代谢网络 系统生物学 建模 结核杆菌
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 60-64
• 页数: 5页
• 分类号: R378.91+1|TP319
• 字数: 2857字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2014.01.10

摘要

基于结核分枝杆菌国际标准强毒株H37Rv菌株的基因组尺度代谢网络模型iNJ661进行分析,以寻找代谢网络中培养基的关键成分和必要基因.该研究在Matlab平台上利用COBRA工具箱,采用基于约束的建模方法进行动态生长模拟、解空间抽样在酶活性水平上的具体化和基因删除模拟实验.结果发现培养基成分中铵盐、三价铁盐、磷酸盐、硫酸盐、甘油等可影响H37Rv的生长;培养基中去除磷酸盐后十种酶均在不同程度上受到抑制,其中丙糖磷酸异构酶、3-磷酸甘油醛脱氢酶、磷酸甘油酸变位酶、烯醇酶受限明显.通过基因删除得出188个必要基因以及非必要基因中的16个致死基因对.基于约束建模分析可初步了解结核杆菌H37Rv菌株代谢网络的性质,可为后续相关研究提供参考和借鉴.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杜志成	中国医科大学公共卫生学院流行病学教研室	6	30	2.0	5.0
2	黄德生	中国医科大学基础医学院数学教研室	65	452	13.0	18.0
3	关鹏	中国医科大学公共卫生学院流行病学教研室	81	596	15.0	21.0