鸟胞内分枝杆菌mmpL11同源基因序列分析及功能预测

• 作者: 余晓丽 孙妍 王心倩 王文靖
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 非结核分枝杆菌 MmpL11 序列分析 功能预测
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 7-12
• 页数: 6页
• 分类号: Q93
• 字数: 2281字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2016.01.02

摘要

以非结核分枝杆菌中的胞分枝杆菌、鸟分枝杆菌两个标准株为研究对象，以耻垢分枝杆菌mc2155和结核分枝杆菌H37Rv为对照，对其mmpL11同源基因进行序列分析，并对其蛋白质进行结构及功能预测，为后期的抗酸染色阳性菌诊断，药物靶标的筛选提供理论基础。根据同源比对找到两个标准株的mmpL11同源基因；应用expasy工具预测MmpL11同源蛋白理化性质；蛋白质信号肽预测采用SignalP在线软件进行预测；使用TMHMM在线工具进行拓扑结构预测；利用Interproscan工具对蛋白保守序列和功能进行预测；使用SSpro对蛋白二级结构进行预测。 OCU48920蛋白的理化性质分析显示：其氨基酸个数为1018，分子量为108．4 kD，理论等电点为7．61，疏水指数为0．227；MAP3637c蛋白的理化性质分析显示：其氨基酸个数为1007，分子量为107．2 kD，理论等电点为8．59，疏水指数为0．231。信号肽预测发现两个标准株的MmpL11均不存在信号肽切割位点，未发现信号肽存在。跨膜预测发现其跨膜次数分别为12和12肽链，N端均在膜内，二级结构以α－螺旋和β－片层为主。保守序列预测发现两个标准株的 MmpL11蛋白均有两个 MMPL 跨膜结构域，一个固醇敏感多肽区。 OCU48920、MAP3637c为H37Rv的MmpL11同源蛋白，推测其功能同MmpL11相似，是分枝菌酸的转运蛋白，参与胞内小分子的运输和信号转导。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	余晓丽	武汉轻工大学生物与制药工程学院	23	32	3.0	4.0
2	王文靖		4	6	1.0	2.0
3	王心倩	武汉轻工大学生物与制药工程学院	8	11	2.0	3.0
4	孙妍	武汉轻工大学生物与制药工程学院	8	11	2.0	3.0