基于生物信息学的hsa-miR-32靶基因预测与功能分析

• 作者: 夏巍 彭璨璨 郑文岭 马文丽 黄正亮
• 来源期刊: 中华疾病控制杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 癌 基因 计算生物学 预测
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 609-613
• 分类号: R349.6|R349.64
• 语种: 中文
• DOI: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2016.06.017

摘要

目的 利用生物信息学方法,预测hsa-miR-32的靶基因并分析其功能,为深入研究其生物学功能提供指导和思路.方法 利用miRBase数据库获取并分析不同物种的miR-32序列特征;从公共GEO(gene expression omnibus,GEO)数据库中下载不同疾病相关的microRNA表达谱芯片数据,通过miRGator v3.0在线工具和Qlucore Omics Explorer 3.0软件分析hsa-miR-32在不同疾病组织中表达情况;并用PicTar、DIANA-microT-CDS 7.0、PITA及miRanda等方法预测hsa-miR-32靶基因,对获得的靶基因集合分别进行功能富集分析(gene ontology analysis)和生物通路富集分析(pathway enrichment analysis).结果 miR-32在不同物种间高度保守.与癌旁正常组织相比,hsamiR-32在子宫癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、乳腺癌等多种癌组织中表达异常(均有P＜0.05).包括已被证实的靶基因,共得到168个候选基因,这些靶基因主要参与调控基因表达、细胞增殖、信号转导、细胞死亡等生物学过程(均有P ＜0.05),涉及小细胞肺癌、前列腺癌、胶质瘤、黑素瘤等疾病相关通路,以及p53等肿瘤相关信号通路和细胞周期等信号转导通路(均有P ＜0.05).结论 hsa-miR-32功能广泛,与癌症的发生、发展密切相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马文丽	南方医科大学基础医学院基因工程研究所	275	1255	15.0	23.0
2	郑文岭	南方医科大学基础医学院基因工程研究所	121	603	11.0	20.0
3	彭璨璨	南方医科大学基础医学院基因工程研究所	1	4	1.0	1.0
4	夏巍	解放军第421医院检验输血科	2	4	1.0	2.0
5	黄正亮	南方医科大学基础医学院基因工程研究所	1	4	1.0	1.0