hsa-miR-192-3p的靶基因预测及功能分析

• 作者: 刘超群 张新生 张越
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: hsa-miR-192-3p 信号转导通路 功能富集分析 癌症
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 262-268
• 页数: 7页
• 分类号: R34
• 字数: 3660字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/j.issn.1672-5565.201804001

摘要

通过生物信息学方法预测hsa-miR-192-3p的靶基因及其靶基因的可能功能.首先通过miRbase在线数据库对hsa-miR-192-3p的碱基序列及序列在各物种间的保守性进行分析,再通过miRGator v3.0在线数据库查看hsa-miR-192-3p在各个组织器官中的表达丰富度情况;其次,应用TargetScan和miRanda在线数据库预测hsa-miR-192-3p的靶基因;最后,将预测得到的两个数据库的靶基因交集用DAVID在线数据库进行功能富集分析和信号转导通路富集分析.结果表明:hsa-miR-192-3p在人、家鼠、猕猴等生物中存在高度保守性;hsa-miR-192-3p在胃肠道、肾脏、肝胆系统、干细胞、鼻、脾、胸腺中表达丰富度较高;通过两个靶基因预测软件预测的靶基因取交集后共有190个;功能富集分析发现hsa-miR-192-3p靶基因富集在细胞质、细胞核、质膜、高尔基体等15个细胞组件(p<0.05),参与蛋白结合、GTP酶活性、锌离子跨膜转运蛋白活性等7个分子功能(p<0.05),涉及金属离子运输、RNA聚合酶II启动子的转录阳性调控、基因表达调节、钙离子跨膜运输、胚胎发育等18个生物过程(p<0.05);预测靶基因集合显著富集于癌症通路与催乳素信号通路中(p<0.05).得出结论:hsa-miR-192-3p预测的靶基因集合富集于多个生物过程,与肿瘤密切相关,生物信息预测为今后的研究奠定了一定的理论基础,为后续实验验证提供了研究方向.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张越	沈阳医学院公共卫生学院职业卫生教研室	29	46	5.0	5.0
2	刘超群	沈阳医学院公共卫生学院职业卫生教研室	4	4	1.0	2.0
3	张新生	沈阳医学院公共卫生学院职业卫生教研室	3	0	0.0	0.0