基于EST序列的甘蔗SNP发掘及分析

• 作者: 吕平 张继 梁芳 檀小辉 金刚 韦丽君
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蔗 NCBI EST序列 DNAStar SNP位点
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 64-66,67
• 页数: 4页
• 分类号: S566.101
• 字数: 3569字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2016.07.017

摘要

从NCBI中的EST数据库下载已公布的甘蔗EST序列28512条，利用DNAStar软件中的Seqman程序进行叠连群构建，EST序列共构建3449个叠连群，从中筛选出93个叠连群，长度共计105385 bp，发现候选 SNP位点1449个，SNP平均出现频率为1．37％，共有74个contigs含有SNP位点，平均每个contig含有19．58个SNP位点，含有SNP位点数最多的1个叠连群有229个SNP候选位点，不同的叠连群含有的SNP位点数量差异较大，但转换类型与颠换类型所占比例很接近。本研究所用的叠连群的总长度是105385 bp，平均72．93 bp含有1个SNP位点。