从公共数据库中利用数据挖掘的方法开发15条黄金鲈EST-SSR标记

• 作者: 姚红 王丹 王卫民 王汉平 邹桂伟
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 黄金鲈 EST 微卫星 EST-SSR 基因注释
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 长江-密西西比河流域国际会议专辑
• 页码范围: 1186-1193
• 页数: 8页
• 分类号: Q173
• 字数: 1059字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7541/2018.145

摘要

黄金鲈是美国中西部地区重要的淡水经济型鱼类.Type Ⅰ型标记对于比较作图和遗传学研究有相当重要的作用,但是黄金鲈的Type Ⅰ标记数量相当少.研究通过数据挖掘的方法从公共数据库中挖掘黄金鲈的Type Ⅰ型即EST-SSR标记.实验结果分析了21968条EST序列,约14.4％的序列包含不同类型的核心重复单元.CA重复是最丰富的二碱基重复单元.从中挑选62条包含SSR的EST序列设计引物,筛选得到15对多态的微卫星位点.群体遗传学参数显示15对EST-SSR位点的等位基因数范围为4-19(平均数为9),观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.103-0.929和0.116-0.934,有4个位点偏离HWE平衡.研究得到的EST-SSR标记适用于黄金鲈的群体遗传学和基因组作图研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王卫民	华中农业大学水产学院	85	1143	20.0	29.0
2	邹桂伟	中国水产科学研究院长江水产研究所	48	499	11.0	21.0