猪miR-149靶基因预测及生物信息学分析

• 作者: 任巧玲 张家庆 武松霞 王献伟 王璟 白献晓 邢宝松 陈俊峰
• 来源期刊: 河南农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: ssc-miR-149 靶基因 生物信息学 颗粒细胞凋亡 卵泡闭锁
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医
• 页码范围: 123-131,144
• 页数: 10页
• 分类号: S828
• 字数: 6618字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2019.03.019

摘要

通过对猪miR-149进行靶基因预测及相关生物信息学分析,探索其影响猪颗粒细胞凋亡和卵泡闭锁的作用机制.首先利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测ssc-miR-149在氧化应激组和正常组表达量的变化,通过转染miR-149 mimic并利用MTT和qRT-PCR检测细胞活性和凋亡基因的表达情况,同时预测ssc-miR-149与细胞凋亡相关基因的靶向关系;然后利用JAS-PAR、PROMO、TargetScan、miRanda、RNAhybrid、DAVID等软件和NCBI、miRBase、Ensembl等数据库对ssc-miR-149进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析.结果表明,氧化应激组ssc-miR-149的表达量极显著下调;但过表达ssc-miR-149时,能极显著提高细胞活性,并抑制H2 O2诱导的凋亡相关基因(Caspase-3、PUMA和FAS)的表达;ssc-miR-149启动子区域具有SP1、p53等多个转录因子结合位点,其靶基因显著富集于TNF信号通路、Rap1信号通路和NOD样受体信号通路等.由此推测,ssc-miR-149受到SP1等多种转录因子调控,它可能通过抑制TNF、Rap1和NOD信号通路中的靶基因PUMA、Caspase-9和FAF-1来调控猪颗粒细胞的凋亡,进而影响猪的卵泡发育.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈俊峰	河南省农业科学院畜牧兽医研究所	4	1	1.0	1.0
2	白献晓	河南省农业科学院畜牧兽医研究所	38	260	9.0	15.0
3	邢宝松		23	197	7.0	13.0
4	任巧玲	河南省农业科学院畜牧兽医研究所	19	77	6.0	8.0
5	王献伟		64	5	1.0	2.0
6	王璟	河南省农业科学院畜牧兽医研究所	4	3	1.0	1.0
7	张家庆	河南省农业科学院畜牧兽医研究所	5	3	1.0	1.0
8	武松霞		1	0	0.0	0.0