苦参转录组SSR位点及基因功能注释分析

• 作者: 尹美强 张宁 温银元 王玉国 王金荣 谭青青
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 医学
• 关键词: 苦参 转录组 SSR 位点信息 基因功能 分子标记
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 41-44
• 页数: 4页
• 分类号: R285
• 字数: 3349字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2019.07.011

摘要

分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息,为开发分子标记奠定基础.利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估,再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤,利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装,之后使用基因组装完整性评估(BUSCO)软件对转录组组装的序列进行质量评估,并分析组装的conting序列的开放阅读框(open reading frame,简称ORF);利用MicroSAtellite (MISA)软件对无冗余独立基因(unigene)进行SSR搜索.利用Trinity软件最终筛选得到23074条ORF信息;使用MISA软件从unigenes序列中发现8 798个SSR位点,分布于7 339条unigene中,总体上unigenes序列中SSR占比为2.16％,SSR位点平均间隔是5.28 bp,其中占比最高的是单核苷重复基序,为50.53％;其次是出现频率分别为22.28％、24.73％的二、三核苷酸.苦参转录组中SSR类型众多,出现频率高,在后续的苦参遗传性状分析,及次生代谢(苦参碱和黄酮等次生代谢产物)途径等相关基因定位等方面具有很好的应用潜力.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王玉国	山西农业大学农学院	75	742	16.0	24.0
2	温银元	山西农业大学农学院	49	283	9.0	14.0
3	尹美强	山西农业大学农学院	32	246	9.0	14.0
4	张宁	山西农业大学农学院	5	10	2.0	3.0
5	王金荣	山西农业大学农学院	3	4	1.0	2.0
6	谭青青	西北大学生命科学学院	1	1	1.0	1.0