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基于R语言的基因表达芯片注释流程
基于R语言的基因表达芯片注释流程
作者:
孙小洁
郑方强
曾健明
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
基因表达芯片(GEO)
数据挖掘
R语言
摘要:
基于R语言,将R程序包Rsubread、Rsamtools、refGenome和GenomicRanges整合为一个完整的流程,实现了基因表达芯片探针序列的自主注释.以应用范围最广的GPL570,GPL10558和曾使用的GPL21163芯片平台为测试数据进行重注释,并将GPL570的新注释与现存的注释做比较;对较新的长链非编码RNA表达芯片GPL16956进行自主注释,以测试流程的实用性.结果表明:GPL570的自主注释覆盖到了 89.58%的探针,GPL10558、GPL21163和GPL16956的自主注释分别覆盖到了 81.54%、84.68%和76.15%的探针.在GPL570新注释单独比对到的7 107个基因中,有411个编码蛋白的基因能够富集到GO条目,而另外两种注释未能比对到这些基因,证明了本流程的可靠性和先进性.因此,本流程实用、有效,为数据挖掘工作提供了新的有力工具.
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篇名
基于R语言的基因表达芯片注释流程
来源期刊
生物加工过程
学科
关键词
基因表达芯片(GEO)
数据挖掘
R语言
年,卷(期)
2021,(1)
所属期刊栏目
生物制造
研究方向
页码范围
17-22
页数
6页
分类号
Q786
字数
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1672-3678.2021.01.003
五维指标
传播情况
被引次数趋势
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引文网络
引文网络
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(0)
共引文献
(0)
参考文献
(0)
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2021(0)
参考文献(0)
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二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
基因表达芯片(GEO)
数据挖掘
R语言
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
生物加工过程
主办单位:
南京工业大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
1672-3678
CN:
32-1706/Q
开本:
大16开
出版地:
南京市浦珠南路30号
邮发代号:
创刊时间:
2003
语种:
chi
出版文献量(篇)
1619
总下载数(次)
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