cDNA(EST)文库的高通量生物信息学分析体系的构建与应用

• 作者: 孙文越 张新宇 程书钧 高燕宁
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: cDNA文库 EST 高通量 分析体系 生物信息学
• 年，卷（期）: 2003,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 6-10
• 页数: 5页
• 分类号: Q524
• 字数: 4071字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2003.01.002

摘要

应用生物信息学方法,构建了一套针对cDNA或EST文库的高通量、自动化分析体系,CLASP(cDNA Library Analysis System Primary).CLASP基于Linux操作系统,主要由Perl程序构成.它以cDNA文库(ESTs)序列为分析对象,具有自动查找序列同源基因并进行染色体定位(包括细胞遗传学定位和STS定位)、EST自动延伸等功能;并对不同来源序列进行聚类分析.应用该体系对3对肺癌相关抑制性消减杂交(SSH)cDNA文库进行了分析.结果在所有3对文库的2083条EST中有1492条找到了同源基因,其中1365条得到染色体定位.对所余591条未知基因的EST进行了电子延伸,其中有214条EST得到不同程度的延伸.对上述cDNA文库中已知基因的EST以及电子延伸后的EST再分别进行聚类分析,而后综合两个聚类分析的结果,由此可发现不同文库间的共同与差异表达基因,可用于特定性状相关的基因功能预测.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	程书钧		7	90	3.0	7.0
2	张新宇		2	264	2.0	2.0
3	孙文越		2	2	1.0	1.0
4	高燕宁		8	343	4.0	8.0