基于同源搜索的甜菜miRNAs计算识别

• 作者: 代翠红 徐德昌 朱延明 李勇 程大友
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: miRNAs 生物信息学预测 甜菜
• 年，卷（期）: 2008,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 152-155,163
• 页数: 5页
• 分类号: Q61
• 字数: 3577字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2008.04.003

摘要

microRNAs(miRNAs)是一类调控真核基因转录后表达的非编码小分子RNA,在调节生物功能方面起着重要的作用,采用基于同源搜索的计算方法预测未知miRNAs是当前发现和鉴定miRNAs的有效策略之一,甜菜是一种重要的制糖工业原料,其miRNAs的识别尚未见报道,本文根据公共数据库中的甜菜EST和GSS信息,采用Blastn同源搜索技术,预测了甜菜(Beta vulgaris)中的候选miRNAs.通过分析候选miRNAs的序列特征,包括碱基错配、二级结构、(A+U)含量、能量水平等,从中获得了54个miRNAs,其中,3个miRNAs与miRBase中已知的其他物种高度相似的序列,其余可能为新miRNAs.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李勇	东北农业大学生命科学学院	41	568	14.0	22.0
2	朱延明	东北农业大学生命科学学院	125	1696	22.0	34.0
3	徐德昌	东北农业大学生命科学学院	68	602	15.0	20.0
6	程大友		94	530	13.0	20.0
8	代翠红	哈尔滨工业大学食品科学与工程学院	54	78	4.0	6.0