DNA保守序列识别算法的并行化和MPI集群环境构建

• 作者: 刘丽丽 吴晓明 尹瑞 王波 祁长乐
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 并行计算 模体识别 基因调控 转录因子结合位点
• 年，卷（期）: 2009,（3）
• 页码范围: 190-192,201
• 页数: 4页
• 分类号: Q52
• 字数: 4598字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2009.03.007

摘要

DNA序列中保守序列的识别需要较大的计算量.开发了一个转录因子结合位点识别的并行算法,能够从多条DNA序列中识别指定长度的序列模式.算法使用概率模型进行序列模式保守性的度量,利用迭代过程实现保守序列的搜索.使用C编程结合MPI消息传递模型开发了相应的程序,并在Windows平台下构建了一个3节点的集群环境,利用20个长度均为200的序列数据集进行测试,实现了模体识别工作,结果表明并行算法使模体识别的效率得到提高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	祁长乐		1	2	1.0	1.0
2	吴晓明		1	2	1.0	1.0
3	尹瑞		1	2	1.0	1.0
4	刘丽丽		1	2	1.0	1.0
5	王波		1	2	1.0	1.0