一个识别蛋白质折叠模式的SVM分类器

• 作者: 吕强 吴宏杰 吴进珍 杨鹏 郭海娟 黄旭
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质折叠模式识别 SVM 从头预测
• 年，卷（期）: 2010,（4）
• 页码范围: 287-290
• 分类号: Q78
• 字数: 4270字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2010.04.001

摘要

蛋白质折叠模式识别是一种分析蛋白质结构的重要方法.以序列相似性较低的蛋白质为训练集,提取蛋白质序列信息频数及疏水性等信息作为折叠类型特征,从SCOP数据库中已分类蛋白质构建1 393种折叠模式的数据集,采用SVM预测蛋白质1 393种折叠模式.封闭测试准确率达99.612 2%,基于SCOP的开放测试准确率达79.632 9%.基于另一个权威测试集的开放测试折叠准确率达64.705 9%,SCOP类准确率达76.470 6%,可以有效地对蛋白质折叠模式进行预测,从而为蛋白质从头预测提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕强	苏州大学计算机科学与技术学院	134	1011	15.0	26.0
3	吴宏杰	苏州大学计算机科学与技术学院	12	35	4.0	4.0
4	郭海娟	苏州大学计算机科学与技术学院	1	6	1.0	1.0
7	吴进珍	苏州大学计算机科学与技术学院	5	12	2.0	3.0
8	杨鹏	苏州大学计算机科学与技术学院	19	91	6.0	9.0
9	黄旭	苏州大学计算机科学与技术学院	21	72	5.0	7.0