甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的电子克隆与分析

• 作者: 方静平 游倩 苏亚春 许莉萍 阙友雄 陈如凯
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 甘蔗 β-1,3-葡聚糖酶 电子克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 页码范围: 199-207
• 分类号: Q785
• 字数: 7556字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2012.03.12

摘要

以高粱β-1,3 -葡聚糖酶基因(β-1,3- glucanase gene)cDNA序列为探针,搜索甘蔗EST数据库,而后通过电子克隆技术,拼接获得甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因ScBG.采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、卷曲螺旋、亚细胞定位、信号肽、功能域及高级结构等方面进行了预测和分析.结果表明:ScBG基因全长1 270 bp,包含一个长达1 011 bp的完整开放读码框(open reading frame,ORF),编码336个氨基酸,分子量为34.8 KD,理论等电点为4.98.该蛋白质很可能是胞外定位的诱导物释放型酸性葡聚糖酶,是一种稳定的分泌蛋白,且可信度达最高等级1.该蛋白属于糖苷水解酶第17家族,含有N端信号肽,在第7 ～ 29位氨基酸处含有跨膜信号区,在第31～321位氨基酸处含有糖苷水解酶17家族结构域,含2个主要的功能结构域.10个物种ScBG蛋白氨基酸序列的同源性分析表明,甘蔗ScBG基因编码蛋白与高粱β-1,3-葡聚糖酶基因的编码蛋白的同源性最高,达79.82％.以上研究结果为ScBG基因下一步的分子克隆、功能鉴定和应用提供基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈如凯	福建农林大学农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室	125	1780	20.0	34.0
2	阙友雄	福建农林大学农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室	41	502	13.0	21.0
3	许莉萍	福建农林大学农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室	59	686	15.0	23.0
4	方静平	福建农林大学农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室	3	20	2.0	3.0
5	苏亚春	福建农林大学农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室	13	55	4.0	7.0
6	游倩	福建农林大学农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室	1	13	1.0	1.0